Основным материалом для строительства в 16-17 вв. было дерево. Значительное увеличение числа белокаменных, а потом и кирпичных зданий не могло по существу изменить общей картины: русские города были по преимуществу деревянными. Из дерева рубились постройки, возводились заборы, мосты, набережные, настилались мостовые. Каменные палаты были теперь не только в крупных городах – встречались иногда и в деревне. Однако такую роскошь могли позволить себе только очень богатые люди – феодалы и «гости» – именитые купцы.
Городской двор, как и в предыдущий период, чаще всего ограждал тын, т. е. частокол из бревен, обычно не очень толстых.
Другой вид усадебной ограды – замет из прясел. Прясло представляло собой деревянную конструкцию из двух вертикально врытых в землю столбов, в каждом из которых выбивается паз. В эти пазы вставляются специально затесанные и пригнанные «пальцы» горизонтальных бревен, образовывавших стенку забора. Иногда такую ограду называли тын лежачий.
Наконец, третий вид наружного забора – плетень из тонких, вбитых (или врытых) в землю жердей, оплетенных прутьями.
Для входа и въезда в усадьбу в заборе устраивались ворота, иногда – ворота и калитки, изредка – двое ворот («передние» и «задние»).
Общий облик жилища рядового горожанина в 16 – 17 вв. - срубный дом, поземный или на подклете (нижний этаж) – в этом случае за единицу здания принимался второй, так что говорилось: изба на подклете, горница на подклете. Форма домов - четырехугольная. Деревянные дома делались из сосновых, иногда из дубовых брусьев, складываемых (без единого гвоздя), по замечанию иностранцев, так плотно, что не оставалось ни малейшей скважины для прохода воздуха. Для теплоты брусья обивали еще мхом, который укладывали также по створкам дверей и окон. Это называлось «построить избу во мху», а если строилась изба, не обитая мхом, то она называлась не избой, а срубом.
Подклеты были жилые и глухие. В первом случае они служили для прислуги, а во втором для кладовых - или же в них устраивались мыльни. В купеческих домах в подклетах сваливались товары.
Стоящий на подклете второй этаж занимало хозяйское жилье. У людей среднего достатка оно заключали по три, а иногда только по два покоя: горницу и комнату; иногда к ним пристраивалась кухня, но чаще кухня была в особой избе, называемой поварнею. Люди богатые, часто учреждавшие у себя пиры и приглашавшие много гостей, строили для своих парадных обедов особые избы в один покой с сенями, так называемые столовые. Вообще же в одном строении не было больше трех, редко четырех покоев. Надстройки над горницами назывались чердаками, а над сенями - вышками.
У простолюдинов избы были черные, то есть курные, без труб; дым выходил в маленькое волоковое окно; при избах были пристройки, называемые комнатами. Печь служила логовищем целому семейству, а от печи по верху под потолок приделывались полати. К избам приделывались разные пристенки и прирубки. У зажиточных крестьян кроме изб были горницы на подклети с комнатами, то есть двухэтажные домики. Случалось, что в одном и том же дворе находились и курные избы, называемые черными или поземными, и белые с трубами.
Обыкновенная крыша русских домов была деревянная. В 16 и 17 веках было в обычае покрывать сверху кровлю березового корою от сырости; это придавало ей пестроту; а иногда на кровле клали землю и дерн в предохранение от пожара. Обыкновенная форма крыш была скатная на две стороны, с фронтонами на других двух сторонах.
У богатых особ были кровли затейливой формы: напр., бочечная - в виде бочек, а по краю кровля окаймлялась прорезными гребнями и рубцами.
На фронтонах и на стенах около окон делались разные изображения: линейки, листья, травы, зубцы, узоры, птицы, звери, всадники на конях и проч. На каменных зданиях они делались из камня или кирпича.
Высотность домов была большей в северных областях России и меньшей в южных, где подклет имели только дома зажиточных горожан и феодалов. Усложняется и состав построек двора. На один двор посадского человека приходилось в среднем до четырех построек.
Вместо того, чтоб по надобности строить большой дом или делать к нему пристройки, на дворе сооружали несколько жилых строений, которые имели общее название хором. Все надворные постройки делились на жилые и служебные. «Изба» - общее название жилого строения. Горница, как показывает самое слово, было строение горнее, или верхнее, надстроенное над нижним, и обыкновенно чистое и светлое, служившее для приема гостей. Название «повалуши» означало кладовую, обыкновенно холодную. Повалуши могли быть также и жилыми покоями: неизвестно, в чем состоит их отличие от горниц, тем более что и повалуши иногда надстраивались над нижними строениями, как горницы. Сенником называлась комната холодная, часто надстроенная над конюшнями и амбарами, служившая летним покоем и необходимая во время свадебных обрядов.
Очень часто по несколько строений всех этих видов находилось в одном и том же дворе. Например, три горницы и одна повалуша или две горницы и три повалуши.
При каждом отдельном строении были сени, а часто двое сеней, одни передние, другие задние, и те и другие теплые. Иногда в одном дворе несколько домов соединялись между собою крытыми переходами, которые были продолжением сеней.
Сам двор мог быть разделен на несколько участков дополнительными внутренними заборами. Например, его хозяйственная часть отделялась от «чистого» двора перед самим домом, сад и огород отделялись от собственно двора. Эти внутренние заборы были более облегченной по сравнению с наружной оградой конструкции – они должны были лишь служить препятствием скоту и птице проникнуть в сад, огород и на чистый двор.
О том, как располагались на территории усадьбы отдельные постройки, сведений мало. Можно сказать, что преобладала (в особенности в центре и на юге России) свободная планировка усадьбы с несомкнутыми, не связанными с домом дворовыми постройками. Описания дворов в источниках и документах особо отмечают связь построек, если она присутствует, а в большинстве случаев ограничиваются простым их перечислением. Так, развитие планировки городской и крестьянской усадеб в 15-17 вв. шло по линии связи отдельных срубов жилых и хозяйственных построек, и именно в этот период распространяются появившиеся ранее типы трехкамерного и двухкамерного дома.